為了確保理想的別離作用，要堅持臥螺離心機自身的平衡。要精準地平衡離心管和它們的內容物。事實上，超速離心機轉子是鑲置在一根很細的軸上，因此在兩只離心管平衡時，重量之差不得逾越各種離心機闡明書上所規則的規模。

制備性超速離心機兩離心管重量之差不得逾越0.1g。有套筒的離心管應帶套筒一起平衡。離心管套筒不得在不同離心機之間混用。在抵達平衡條件之后，在添加物料的時分，也應當堅持平衡，以免離心力不對稱損壞離心軸，形成嚴重事故。平衡好的離心管對稱放好后蓋好臥螺離心機蓋，翻開電源，設置離心機轉速和離心轉速。

在快要抵達別離設定時刻的時分，應及時翻開減速或者是速度調理旋鈕減速。待螺旋沉降離心機天然停止翻滾后，開蓋取出離心管。封閉電源，拔掉電源插頭。清洗臥螺離心機、離心室、離心管、套筒等。

臥螺離心機自身還設置有主動控制操作系統，設定離心速度、離心時刻、溫度、真空度等參數后，翻開開關，設備將會主動工作。待抵達相關參數之后，記載時刻，抵達設定時刻之后螺旋沉降離心機主動停機，減速設備主動翻開。