煎煮法有效成分損失較多，尤其是水不溶性成分；

　　提取過程中有機溶劑有可能與有效成分作用，使其失去原有效用；

　　非有效成分不能被限度地除去，濃縮率不夠高；

　　提取液中除有效成分外，往往雜質較多，尚有少量脂溶性成分，給精制帶來不利；

　　高溫操作會引起熱敏性有效成分的大量分解。

在中藥提取分離方面出現了許多新技術、新方法，如超臨界流體萃取技術、超聲波提取法、超高壓提取法、半仿生提取法、高速離心分離技術、大孔樹脂吸附分離技術無機膜微濾技術、超濾膜分離技術、納濾膜濃縮技術等。這些新技術和方法的應用，使得中藥提取既符合傳統的中醫藥理論，又能達到提高有效成分的收率和純度的目的。